Santa Marta no escapa a la problemática nacional, denominada persecución gay. Se dice que en la ciudad también se viven los episodios de índole nacional que prenden las alarmas entorno a este grupo social. La defensora del pueblo Lizeth Peñaranda Peña expresó que recibió un oficio de un representante de esta comunidad manifestando los continuos actos amenazantes en su contra, Santa Marta ya registra un homicidio como acto de intolerancia contra una persona de este tipo de orientación.